院訓
高舉十架，宣揚基督；探求真理，忠誠事主。
宗旨
本院是以純正聖經神學的精深學術理論與教學的方法作研究方針，又養成對亞洲宣教有使命的傳教者作為宣教師；並為時代的需要—使在職的傳道人有機會再深造、再進修，以提高宣教與牧會的能力為目的。
沿革
由於歐美宣教士逐漸退出亞洲的工場， 神就在這個世代興起亞洲人來負責亞洲宣教的事工。先是由韓國李一牧師發起組織「亞洲人福音宣教會」，隨著有中華民國(張進吉牧師)及日本(村上好伸牧師)兩國牧者響應，接著有菲律賓、新加坡、泰國、印尼、香港的加入，終於成立了這個龐大的宣教組織，並且每年輪流在各國地區，舉辦國際宣教大會。
就在這樣的國際教會人士互相交流溝通中，發現中國大陸不但擁有(當時)全世界四分之一的人口，也是各國基督徒共同關心的福音工場。經過多方的禱告及磋商，亞洲人福音宣教會決定負起訓練一些宣教人才的責任，準備進入大陸從事宣教工作，把福音帶給億萬受苦受難的中國大陸人民。況且整個亞洲，特別是東南亞，也迫切需要更多宣教士的投入，宣教專門人才的奇缺；所以在1982年5月2日由中華民國、韓國、日本三國的教會牧者共同設立「亞洲宣教神學研究院」，預定於次年一月開學，並使用台南市伊甸基督教會為授課地點。
本院邀請各國對神學、宣教教育及有關的專門課程等，有高深造詣、靈命學養豐沛的學者，前來講學、教授、栽培、訓練；且邀請對中國大陸問題有專門深入研究的專家，設立特別講座，相信本研究院是一個有理想、有目標、重學術、講實踐的高等宣教神學學府。
為了預備將來向大陸、東南亞甚至東北亞宣教，台灣作為東亞中心位置，是一個最理想的訓練及研究策略的地點。所以本亞洲宣教神學研究院，就設立在台灣的台南市（台南市是基督教在台灣的發祥地）。
特色
1. 差傳宣教士 2. 訓練神工人 3. 裝備再出發 4. 寒暑密集班 5. 教授陣容強 6. 超文化交流
學制
博士班：
教牧學博士（D.MIN）
宣教學博士（D.MISS）
聖工 博士（D.CMIN）
碩士班：
道學 碩士（M.DIV）
宣教學碩士（M.MIS）
教牧學碩士（M.MIN）
聖工 碩士（M.CMIN）